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財政部100年6月9日發布解釋令，明定營利事業在發布日起如有超額分配股東或社員可扣抵稅額的情形，並且已補繳超額分配的可扣抵稅額，可在補繳日計入股東可扣抵稅額帳戶餘額。如在100年6月9日前補繳尚未核課確定案件，也可適用。該所舉例說明：A公司因99年度超額分配股東可扣抵稅額15萬元，被國稅局查獲，除補徵稅額，並處一倍罰鍰。A公司已於100年9月1日補繳，可在補繳日計入股東可扣抵稅額帳戶餘額；另B公司98年度超額分配股東可扣抵稅額，經核定補徵20萬元，因不服申請復查，延至99年12月1日才補繳98年度超額分配稅款20萬元，依前揭財政部函釋，仍可在補繳日計入股東可扣抵稅額帳戶餘額。
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