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依 98年1月21日修正後所得稅法第39條規定，公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用同法第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課營利事業所得稅。所以，符合規定之公司，其經稽徵機關核定之92年及以後年度虧損，尚未依法扣除完畢者，於辦理營利事業所得稅結算申報時，得自全年所得額扣除經稽徵機關核定之前10年各期虧損後，再行核課所得稅。
如果公司有違章情節重大之情形者，將不能適用所得稅法第39條有關前10年虧損扣除之規定。但如果短漏所得稅稅額不超過新臺幣10萬元或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過5﹪，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為短漏報情節輕微，仍准適用前揭虧損扣除之規定。
公司於各項交易憑證之取得、保管及帳務之處理、申報，均須確實遵循稅法規定，以免受罰又喪失上述租稅權益，得不償失。
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