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財政部臺北市國稅局表示,營利事業如依所得稅法第3條第2項但書規定,將來自中華民國境外之所得,已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅,申報扣抵營利事業所得稅應納稅額者,應按國外所得額計算可扣抵限額,亦即應以國外收入減除相關成本費用後之所得額計算國外稅額可扣抵限額,而非按國外收入計算可扣抵限額。 
該局說明,依所得稅法第3條第2項規定,營利事業之總機構在中華民國境內者,應就其中華民國境內外全部營利事業所得,合併課徵營利事業所得稅。但其來自中華民國境外之所得,已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅,……自其全部營利事業所得結算應納稅額中扣抵。扣抵之數,不得超過因加計其國外所得,而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額。 
該局查核轄區甲公司營利事業所得稅案件時,發現其申報「依境外所得來源國稅法規定繳納之所得稅可扣抵稅額」金額300萬元,經調查係甲公司在A國取得技術服務收入1,500萬元所繳納之所得稅,惟甲司於計算國外稅額可扣抵限額時,將該筆技術服務收入全數作為「國外所得」,並未減除其所提供之技術服務成本費用。依據收入成本配合原則,甲公司在計算國外所得時,應減除歸屬該筆技術服務收入之相關成本費用,方為該筆境外營業活動之所得。該局依據所得稅法施行細則第2條規定,重新計算其國外所得於境外已繳納所得稅之可扣抵限額為85萬元,調整補稅215萬元。有關其國外稅額可扣抵金額計算如下: 
(1)國外收入1,500萬元-歸屬國外收入之成本費用1,000萬元=國外所得500萬元 
(2)(國內所得額700萬元+國外所得額500萬元)×稅率17% = 204萬元 
(3)國內所得額700萬元×稅率17% = 119萬元 
(4)因加計國外所得而增加之結算應納稅額=204萬元-119萬元=85萬元 
(5)甲公司國外所得於A國繳納之所得稅款為300萬元,大於國外稅額可扣抵限額85萬元,兩者取小,得扣抵85萬元。 

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