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財政部臺灣省中區國稅局表示:同時享有廢止前促進產業升級條例與產業創新條例之投資抵減租稅優惠,其當年度抵減總金額應以當年度應納營利事業所得稅額之50%為限。
廢止前促進產業升級條例與產業創新條例有關研究發展支出投資抵減規定有所不同,公司在產業創新條例施行後,同時有前揭二種研究發展支出投資抵減,在申報營利事業所得稅額時,該如何計算投資抵減稅額呢?
該局說明,公司如有廢止前促進產業升級條例第6條規定之投資抵減稅額及依產業創新條例第10條規定之研究發展支出投資抵減稅額,計算應納營利事業所得稅額時,鑑於產業創新條例之投資抵減稅額僅限於當年度抵減,不可延用以後年度;為保障公司依廢止前促進產業升級條例規定享有之租稅減免權益,財政部已核釋,公司於抵減99年度及以後年度之應納營利事業所得稅額時,應先以產業創新條例之投資抵減稅額抵減,如仍有應納稅額尚未抵減時,再以稽徵機關依廢止前促進產業升級條例第6條規定核定尚未抵減之投資抵減稅額抵減之。
又考量產業創新條例第10條研究發展支出投資抵減係延續廢止前促進產業升級條例第6條規定,因此,計算抵減稅額,自應以當年度應納營利事業所得稅額之50%為限,但廢止前促進產業升級條例第6條規定之最後年度抵減稅額,不在此限。

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